En 2004, el nuevo equipo directivo definió las grandes líneas estratégicas de la Fundación en un documento titulado "Una nueva etapa" en el que se fijaban además determinados criterios de actuación. Estos principios y criterios conforman un decálogo de conducta y orientan la filosofía y actuaciones de la institución.

1. TRANSPARENCIA en los criterios de actuación, en el empleo de sus recursos y en sus prioridades de trabajo, tanto ante sus patronos como ante aquellos a quienes sirve.

2. PARTICIPACIÓN en sus actividades y proyectos, de investigadores, líderes políticos y sociales, empresarios y representantes relevantes de España y de la Comunidad Iberoamericana.

3. COORDINACIÓN con los actores más relevantes implicados en la cooperación con Iberoamérica.

4. PLURALISMO en su colaboración con instituciones públicas y privadas en la selección de los beneficiarios de sus ayudas.

5. EXCELENCIA en la fijación de los criterios que guían la selección de instituciones colaboradoras, cursos, investigaciones y becarios.

6. RELEVANCIA en las actuaciones que se llevan a cabo, garantizando que contribuyan a la solución de los principales problemas y carencias que afrontan los países iberoamericanos y aquellos otros relevantes desde el punto de vista de la cooperación.

7. SELECTIVIDAD E IMPACTO en sus iniciativas y proyectos, asegurando una evaluación permanente de los mismos y buscando siempre la eficacia y la eficiencia en el logro de los fines fundacionales.

8. INDEPENDENCIA en sus actuaciones para preservar su libertad de acción, mantener su singularidad y actuar conforme a su mandato fundacional.

9. COMPLEMENTARIEDAD de sus objetivos y actuaciones con aquellos perseguidos por otras entidades públicas y privadas dedicadas a la cooperación internacional en las áreas de la educación, la cultura y la investigación, facilitando y respaldando el alcance de las iniciativas que desarrollan.

10. DESCENTRALIZACIÓN Y TRABAJO EN RED en sus distintos programas, alentando la formación de organizaciones análogas en los países iberoamericanos, promoviendo allí redes de centros e investigadores, y fomentando la proyección del mundo iberoamericano en el ámbito europeo.